Przed rozpoczęciem pracy, w pierwszej kolejności należy zaopatrzyć się w odpowiedni komputer z systemem operacyjnym. Najpierw powiem kilka słów o komputerze.
Warto przyjrzeć się ofercie sprzętów gamingowych. Charakteryzują się one wystarczająco dobrymi paramtetrami do prostych analiz. Trzeba przede wszystkim zwrócić uwagę na pamięć RAM (minimum 24GB choć warto pomyśleć o 32 GB) oraz wielkość HDD (minimum 1 TB). Polecam również zainwestować w twardy dysk SSD. Obecnie pracuję na DELL’u XPS15 (dwurdzeniowy procesor i7, RAM 32 GB, HDD 1TB SSD, karta graficzna NVIDIA GeForce GTX 1050). Jest wystarczający do składania niewielkich genomów (wirusowe lub małe bakteryjne). Wydajnie też działa analiza składu mikrobiomów przy użyciu sekwencjonowania 16S rRNA. Raczej nie polecam procesorów AMD serii RYZEN 7 i 9.
Gdy już dobierzemy odpowiedni dla nas komputer trzeba pomyśleć o systemie operacyjnym. Polecane są dystrybucje Linux’a lub Mac OS. Jeśli jesteście przyzwyczajeni do Windows’a to niestety mam złe wieści. Będziecie w większości skazani na drogie oprogramowanie komercyjne (jak np. CLC Genomics Workbench). Jeśli chcemy wejść w świat rozwiązań opensource’owych to jesteśmy „skazani” na systemu unix’owe.
Ja mam zainstalowanego Windows 10, a używam maszyn wirtualnych z Linuxem (Debian). Dobrym pomysłem jest skorzystanie z Windows Insider program, który umożliwia instalację terminala Linux’a w Windows 10. W następnym artykule pokażę Wam jak skorzystać z tego gotowego rozwiązania polecanego przez Microsoft.
Oczywiście polecam zakup komputera bez systemu (taniej o prawie 400 zł) i zainstalowanie najnowszej dystrybucji Debian’a.
W dalszej części skupimy się na przygotowaniu środowiska pracy.